Najstarsza wzmianka o kościele św. Mikołaja pochodzi z 1286 r. Łeba, wówczas jeszcze osada, położona była przy lewym brzegu rzeki Łeby. W 1570 r. sztorm, który nawiedził miasto, zniszczył jego starą część doszczętnie, w tym także kościół św. Mikołaja. Zachowała się jedynie część muru ceglanego, który stoi w tym samym miejscu (ul. Turystyczna) do dnia dzisiejszego i jest wizytówką historyczną dawnych czasów. W związku z żywiołami, które nawiedzały miasto, mieszkańcy zmuszeni byli przenieść Łebę na prawą stronę rzeki.
